Ancak, SMS onayının bazı dezavantajları da vardır. Örneğin, bazı durumlarda kullanıcıların erişim sağlayamayabileceği veya telefonlarının sinyal alamayabileceği yerlerde olabilirler. Bu durumlar, SMS onayının etkinliğini azaltabilir ve kullanıcıları frustrasyona sürükleyebilir.